Cicak-Man mengisahkan seorang anak muda, Hairi (Saiful Apek), secara
tidak sengaja menelan seekor cicak yang sedang dalam penelitian di
makmal. Dia dan rekan karibnya, Danny (Yusry), bekerja di serikat milik
Profesor Klon (Aznil Nawawi), di Kota Metrofulus. Akibat kejadian itu,
Hairi dapat merasa perubahan dalam dirinya. Dia mulai bersikap seperti
seekor cicak yang berupaya memanjat dinding, luka yang cepat sembuh dan
cekap menggunakan lidahnya yang panjang. Profesor Klon pernah membuat
penelitian ke atas Gingerboys (AC Mizal dan Adlin Aman Ramlie).
Walau
bagaimanapun, penelitiannya itu gagal. Akibatnya Gingerboys menjadi
cacat dan ingin balas dendam ke Profesor Klon. Untuk menenangkan
Gingerboys yang berhasrat membunuhnya itu, Profesor Klon telah
menyiapkan mereka menyertai misi Profesor Klon menakluki Metrofulus.
Gingerboys bersetuju tanpa mengesyaki Profesor Klon hanya mau mengambil
kesempatan atas kebolehan mereka. Pada waktu yang sama, Hairi dan Danny
mula mengesyaki kegiatan jahat Profesor Klon dan pengikutnya. Setiap
kali Kota Metrofulus ditimpa penyakit, Profesor Klon hadir bersama
penawar. Dalam cobaan jahat untuk merampas kuasa bandar berkenaan,
Profesor Klon menculik lima orang menteri Metrofulus dan coba menukarkan
mereka dengan klon ciptaannya. Hairi dan Danny mendapat tahu muslihat
itu, lalu berusaha untuk menghalang. Cicak-Man Hairi juga meminati
setiausaha Profesor Klon, Tania (Fasha Sandha), tetapi dia malu untuk
meluahkan rasa cintanya. Dalam satu kejadian, dia menyelamatkan Tania
dari cengkaman Ginger Boys. Begitupun, Tania menyangka Danny yang
sebenarnya di sebalik topeng sang cicak. Penelitian Danny membuktikan
kebolehan Hairi menjadi cicak akhirnya mendatangkan musibah kepada diri
sendiri. Sel manusia Hairi akan berkurangan dan terus menjadi seekor
cicak. Danny meneruskan pencarian antidot untuk Cicak-Man sementara
Hairi/Cicak-Man menyelamatkan Metrofulus. Profesor Klon menyangka bahwa
Cicak-Man adalah Danny setelah Gingerboys menbongkar rumah Tania dan
membaca beberapa catatan Tania mengenai Cicak-Man yang disangkainya
Danny. Setelah Profesor Klon menculik Danny, barulah Profesor Klon
menyadari bahwa Hairi lah Cicak-Man sebenar. Cicak-Man yang semakin
tenat perlu menyelamatkan Danny dari Profesor Klon namun tidak berhasil.
Profesor Klon menyuntik separuh antidot untuk Cicak-Man yang berhasil
disiapkan oleh Danny sebelum ini pada Danny. Akibatnya, Danny menjadi
lemah dan akhirnya mati. Walau bagaimanapun, Cicak-Man berhasil
menyuntik antidot yang selebihnya dan menjadi kuat semula. Setelah
membunuh Gingerboys, Cicak-Man perlu berhadapan dengan klon beliau yang
diciptakan oleh Profesor Klon. Terbuktilah yang original lebih baik dari
yang klon apabila Cicak-Man berhasil membunuh klon ciptaan Profesor
Klon. Cicak-Man yang dikehendaki polisi karena disalah sangka mencabul
Presiden Ramlan dan difitnah melakukan kriminal lain melarikan diri
sebaik saja polisi Metrofulus tiba. Profesor Klon dipenjara setelah
didapati melakukan kriminal. Tania yang menyangka Danny merupakan
Cicak-Man terus bersedih dengan kematiannya. Hairi pula sudah berjanji
tidak akan muncul sebagai Cicak-Man dan membiarkan Danny mati sebagai
wira di mata Tania. Dalam pada itu, Profesor Klon yang ditangkap
bukanlah Profesor Klon yang sebenar tapi hanya klon beliau sendiri.
